和部分皮肤一样，毛囊中也具有很多黑色素，能吸收大量的激光能量并最终转换成热能，使毛囊温度升高，达到破坏毛囊功能的目的。

但毛发生长有三个时期：生长期、静止期和退行期，只有当毛囊处于生长期时毛囊中才会有大量的色素颗粒存在，才能吸收大量的激光能量，因此激光对处于生长期的毛发具有脱除的作用，而退行期和静止期的毛发色素相对比较少，因此激光的治疗作用相对较弱。对于这部分毛发需要等到它们慢慢转变到生长期后才能进行激光脱除，所以激光脱毛治疗并不能一次成功，通常需要多次连续的激光照射（两次治疗的间隔时间为3-6周不等）才能达到理想的效果。

而且对于颜色较黑的毛发比较容易脱，如头发，腋毛，阴毛等，但对于唇毛，或者颜色较淡的体毛和部分人种的非黑色毛发则激光脱毛效果不佳。